Oddelenie organickej chémie organizovalo v spolupráci s oddeleniami organickej chémie vo Viedni, Budapešti, Ľublane, Prahe a v Brne v rokoch 1991 až 2022 Sympóziá Na Modrom Dunaji (Blue Danube Symposium on Heterocyclic Chemistry), ktorých témou bola heterocyklická chémia.
Vedecká spolupráca v oblasti heterocyklickej chémie a syntézy prírodných zlúčenín a ich analógov prebieha hlavne s oddeleniami v Rakúsku, Nemecku, Francúzsku, Poľsku, Maďarsku a Veľkej Británii.
Na základe bilaterálnej kultúrnej dohody medzi francúzskou a slovenskou stranou prebieha viac ako 30 rokov medzi IUT – Technickou univerzitou v Paríži a FCHPT STU študentský výmenný študijný program. Na základe dohody francúzski študenti na FCHPT STU dokončujú a obhajujú svoje diplomové práce a ukončujú svoje dvojročné štúdium ziskom titulu D.U.T.
Oddelenie má dlhotrvajúce výskumné aktivity s priemyselnými partnermi, ako je Saneca Hlohovec (SK), Biosynth (SK, CH, AT, UK, US, NL, CHN), Degussa (DE), Boehringer Ingelheim Pharma (DE), Axxence (NL, SK), Austria Juice GmbH (AT), Mikrochem (SK), Hammeln (SK, DE), Slovnaft (SK) a iné.
