Ústav sa permanentne podieľa na vedeckých a vedecko-výskumných projektoch národných výskumných inštitúcií, takisto ako na výskumných projektoch EÚ a NATO.
Výskum na Oddelení NMR a hmotnostnej spektrometrie sa sústreďuje na:
■ in vitro a in vivo štúdium metabolizmu použitím NMR,
■ štúdium štruktúry a chemických interakcií prirodzených a syntetických zlúčenín použitím NMR a MS.